Posedujem računar sa dva hard diska. Prvi je SSD Samsung EVO 840 i on je sistemski, kao i za programe. Drugi je Seagate 3TB 64MB 7k SATA600 Barracuda ST3000DM001 na kome se instalira sve ostalo, inače taj drajv nema particije, nego je "u komadu".

Ponekad kada želim da pokrenem aplikaciju sa drugog diska (pa čak i igru sa Facebooka), sve se ukoči, praćeno zvukom koji bi opisao kao pokretanje CD ili DVDa iz čitača koji se do tada nije koristio, samo bučnije. U prevodu, čuje se kao da se drajv pokreće, ali vrlo bučno i ne baš prijatno. Posle toga drajv postaje nečujan i sve je ok.

Pitanje je da li je ovo normalno, jer radim neke testove sa HD Tune PRO i standardnim programima, ili treba da se uređaj servisira ili menja?

Poceh pisati svasta sto bi moglo biti hardverski, ali mi pade na pamet da probas nesto sistemski. 
Sekundarni disk je obicno podesen da ide u Idle mod ako se ne koristi nista sa njega u tom trenutku. Pristupanjem bilo kojeg fajla sa tog diska, isti se aktivira i "zavrti", pretpostavljam da je otud taj zvuk.
Idi u Control Panel>System and Security>Power options>Change plan settings>Change advanced power settings i tu pod HArd Disk podesi poslije koliko hoces da HDD ide u Idle mod. Preporucujem ti da stavis na Never, to ti je na <od 1, cisto da vidimo da li je do toga. 
Napisah ovo sve pod pretpostavkom da koristis, Win7 ili Win8.

Evo sada sam narokao vrednost na 999999 pa ću videti da li je do toga. Hvala u svakom slučaju na savetu

Nema na cemu. 
Obrati paznju na Windows Update, jer on zna resetovati te postavke na defaultne(20 min). Pisi ako se opet bude desavalo.